Reliéf moravských Karpat je výrazně předurčen vlastnostmi geologického podloží a jeho vývoje. Významnou měrou se na utváření reliéfu podílí charakter flyšových hornin. V oblastech s převahou slepenců a flyšových hrubě klastických pískovců, převládají většinou výrazně horizontálně i vertikálně členité tvary terénu, často doprovázené výchozy skal nad okolní reliéf. Je to způsobeno vyšší odolností těchto hornin vůči procesům zvětrávaní. V oblastech s větším zastoupením měkčích hornin — jílovců a drobně klastických pískovců — převládají měkce modelované tvary reliéfu.
Okrajové části oblasti jsou budovány spíše měkčími horninami. Na Z až SZ jsou to horniny vnější skupiny příkrovů (mimo Beskydy), na J horniny bělokarpatské jednotky magurské skupiny příkrovů. Reliéf je zde spíše pozvolný a měkce modelovaný. Centrální část, která tvoří pomyslnou osu oblasti, je budována převážně tvrdšími horninami. Jejich výskyt je vázán na račanskou a bystrickou jednotku magurské skupiny příkrovů a na slezskou jednotku vnější skupiny příkrovů. Zde je reliéf často členitý, dynamický s velkými výškovými rozdíly.
Celkově v reliéfu převažuje erozně–denudační a strukturně–denudační pahorkatinný až hornatinný reliéf nad akumulačním a erozně–akumulačním reliéfem v kotlinách, brázdách a výrazných dnech údolí. Horské hřbety se váží na pruhy odolných pískovců a jejich pásma se táhnou převážně ve směru SV—JZ, což odpovídá zhruba osám vyvrásněných a přesunutých dílčích flyšových příkrovů.
Často i hlavní vodní toky (mimo řeku Moravu) udržují typický karpatský směr SV—JZ (Rožnovská Bečva, Vsetínská Bečva, Dřevnice, Olšava). Tektonické poruchy geologického podloží vytváří průlomová údolí, kdy řeky napříč prorážejí horské hřbety ve směru SZ—JV. (Ostravice, Vlára, Senice). U hlubokých údolí, kotlin a sníženin se rovněž projevuje strukturní podmíněnost, neboť jsou vyvinuty v pruzích méně odolných jílovcových hornin (Třinecká brázda, Jablunkovská brázda, Fryštácká brázda).
Maximální výšky dosahují moravské Karpaty vrcholem Lysé Hory (1324 m) v Moravskoslezských Beskydech. Nejníže, cca 160 m, dosahují v nejnižších oblastech Milovické pahorkatiny na již. Moravě. Rozdíl mezi nejvyšším a nejnižším bodem dosahuje téměř 1150 m.