Flyšové sedimenty nevynikají pestrostí mineralogického složení. Jedná se z velké části o splachy z přilehlých kontinentů a jejich minerální složení proto odráží skladbu hornin v povodí velkých řek a při pobřeží. Většina především rudních minerálů však během transportu v exogenních podmínkách podléhá rychlému rozkladu a různým přeměnám, a tak spektrum horninotvorných minerálů ve flyšových pískovcích je poměrně malé.
Výjimku tvoří například minerály vázané na produkty neovulkanismu, jako jsou ve flyši těšínity, pykrity nebo trachyandezity. Také tělesa slepenců obsahují místy velké bloky nebo valouny metamorfovaných a vyvřelých hornin, ve kterých se mohou objevit asociace rudních a jiných minerálů pro sedimentární horniny netypických. V malé míře jsou z oblasti výskytu sedimentů flyšového pásma Západních Karpat známy také vápence, dolomity a pelokarbonáty.
V rámci flyšových usazenin je možno vyčlenit následující skupiny: