Na území moravských Karpat se v rámci regionálně biogeografického členění nachází západokarpatská podprovincie a částečně také polonská podprovincie (jihovýchodní část) a severopanonská podprovincie (východní část).
Západokarpatská podprovincie
Biota podprovincie západokarpatské je podmíněna charakteristickou geomorfologií a geologií karpatské soustavy. Geologicky je západokarpatská podprovincie pestřejší než ostatní studované podprovincie. Centrální části Karpat (mimo ČR) jsou tvořeny krystalickým jádrem, které je obklopeno vápencovými nebo dolomitovými sedimenty. Na vnější straně tohoto jádra leží mocné usazeniny flyše, v nichž se střídají pískovce, jílovce a nesouvislý řetězec bradlových vápenců. V těchto strukturách se vyskytují i drobné výskyty efuzív, avšak bez většího významu pro flóru, na rozdíl od rozsáhlých vulkanických oblastí na vnitřní straně oblouku.
Podrobné informace k Západokrapatské provincii jsou uvedeny zde.
Polonská podprovincie
Polonská podprovincie představuje území přechodné bioty mezi subatlantsky laděným Hercynikem či Karpaty na jihozápadě až jihu a kontinentálně laděnými boreálními lesy na severovýchodě. Biotu podprovincie ovlivňují poměrně jednotvárné horniny i reliéf a malé nadmořské výšky. Na naše území zasahuje od severu jen okrajovými, víceméně přechodnými částmi. Charakteristickou část tvoří nížiny a nevysoké pahorkatiny, které jsou tvořené málo zpevněnými druhohorními a třetihorními sedimenty karpatské předhlubně, přemodelované pleistocenním ledovcem a zpravidla pokryté glaciálními sedimenty (písky, jílovité hlíny) i sprašovými hlínami.
Podrobné informace k Polonské provincii jsou uvedeny zde.
Severopanonská podprovincie
Severopanonská podprovincie tvoří severozápadní část Panonské provincie (Panonie). Ohraničení Panonské provincie a její členění na podprovincie není ještě definitivně uzavřeno, proto následující charakteristiky vycházejí víceméně ze situace v celé provincii. Panonská provincie zabírá Karpatskou kotlinu, je tvořena sníženinami mezi pohořími náležejícími k Alpám, Karpatům a Dinaridům.
Podrobné informace k Severopanonské provincii jsou uvedeny zde.
Zdroj: Culek, M. Grulich, V. Laštůvka, Z. Divíšek, J. 2013. Biogeografické
regiony České republiky. Geografický ústav, Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity. Geoinovace. Brno