Fytochorion leží v submontánním až montánním vegetačním stupni a představuje jednotku, charakterizovanou karpatským horským bukovým lesem a jeho náhradními společenstvy. Geologicky jej buduje paleogenní magurský flyš račanské jednotky, s převahou soláňských vrstev pískovců a jílovců. Kotliny leží v nejchladnější mírně teplé oblasti MT2, převážná část území v chladné oblasti CH7 a vyšší hřbety v CH6. Území bylo ve středověku osídleno valaškou kolonizací (pasekářské hospodaření), která způsobila částečné odlesnění.
Potenciálně zcela převažují květnaté bučiny (Dentario enneaphylli-Fagetum, ve východní části i Dentario glandulosae-Fagetum), které jsou v kontaktu s porosty jedlobučin až květnatých jedlin (Galio-Abietenion). Některé ochuzené porosty však mají bližší vztahy k podhorským acidofilním bučinám (Luzulo nemorosae-Fagetum sylvaticae). V nejvyšších polohách jsou maloplošně vyvinuty acidofilní horské bučiny (Calamagrostio villosae-Fagetum). Lokálně jsou vyvinuty suťové lesy, zejména Arunco-Aceretum. V zaříznutých údolích jsou maloplošně vyvinuty luhy asociace Carici remotae-Fraxinetum. Podél říčních toků se nacházejí lemy vrbových porostů ze svazu Salicion triandrae.
Polopřirozenou náhradní vegetaci tvoří rozšířené smilkové louky a pastviny (Cynosurion a Violion caninae), na úživných substrátech obohacené o mnohé orchideje; pouze v okolí Velkého Javorníka jsou karpatské květnaté horské louky (Nardo-Agrostion tenuis), na chudých kamenitých půdách na plochých hřebenech jsou lemy brusnicových keříků (Vaccinion). Na hlubších půdách jižních svahů vystupují dosti vysoko duhově bohatší travinná společenstva svazu Cirsio-Brachypodion pinnati (blízká asociaci Brachypodio-Molinietum), v nižších polohách květnaté lesní lemy Trifolion medii. Křoviny náleží svazu Berberidion. Na vlhkých místech se setkáváme s vegetací svazu Calthion.
Flóra je dosti pestrá, s četnými druhy karpatského migrantu, obecně rozšířenými ve východní části ČR, k nimž náleží svízel potoční (Galium rivale), kakost hnědočervený (Geranium phaeum), svízelka lysá (Cruciata glabra), pryšec mandloňolistý (Tithymalus /Euph./ amygdaloides), kyčelnice žláznatá (Dentaria glandulosa) a zapalice žluťuchovitá (Isopyrum thalictroides), zvláštností je mezní výskyt chrpy měkké (Cyanus mollis), česneku hadího (Allium victorialis) a mochny zlaté (Potentilla aurea) ve směru z Karpat. Subtermofyty jsou řidší, roste zde ještě např. tužebník obecný (Filipendula vulgaris), černohlávek velkokvětý (Prunella grandiflora), okrajově i kakost krvavý (Geranium sanquineum). Zastoupeny jsou druhy submediteránní, např. bílojetel bylinný (Dorycnium herbaceum), ptačí zob obecný (Ligustrum vulgare), submediteránně-subatlanské, např. pcháč bezlodyžný (Cirsium acaule), i subatlantské, mezi nimi bezosetka štětinovitá (Isolepis setacea).
Zdroj: Novák, V., Hudec, K., Živá příroda. Vlastivěda moravská, Země a lid, Nová řada, svazek 2, Muzejní a vlastivědná společnost v Brně, 1997, ISBN 80-85048-69-8