Mohutné druhohorní uloženiny Vnějších Západních Karpat zahrnují u nás sedimenty triasu, jury a křídy.
Uhličitany
V oblasti jurského bradla Pavlovských vrchů jsou vyvinuty krasové fenomény a nevelké jeskyně, označené souhrnně jako Jihomoravský kras.
Z nejdůležitějších nerostů jsou zde zastoupeny hlavně uhličitany, zejména obě modifikace CaCO3, tedy kalcit i aragonit. Kalcit se vyskytuje ve sněhobílých, hedvábně bílých, lesklých a vláknitých agregátech. V jeskyních tvoří hrudkovitou strukturu s chybějící klasickou krápníkovou výzdobou a vápenný sintr.
V oblasti Zbrašovských aragonitových jeskyní vznikl jedinečný jeskynní systém procesem současného působení atmosférických vod a teplých minerálních vod vystupujících z velkých hloubek ve vápencích. Unikátní výzdobu, která je produktem termálního krasovění, tvoří aragonit, dále tzv. gejzírové stalagmity a kulovité sintrové povlaky připomínající koblihy. S aragonitem se může zároveň vyskytovat i stroncianit, který může vytvářet jeho krystalizační jádra.
Nově byl popsán ondřejit, vznikající recentně na aragonitových krystalech. Později bylo prokázáno, že většina vzorků označovaných jako huntit a magnesit a ondřejit byl jako minerál fakticky zrušen. Kromě uvedených Zbrašovských jeskyní byla aragonitová výzdoba nalezena v Hranickém krasu, Moravském krasu a Litovelsko–konickém krasu.
Nerosty druhohorních hornin se popisují na dávno opuštěném a zatopeném vápencovém lomu mezi Fryštákem — Horní Vsí a Lukovečkem. V tomto vápencovém lomu jurského stáří skončila těžba asi počátkem 20. století. Po vápenci dosud zůstali jen drobné pozůstatky. Byli zde popsány ankerit (velmi řídký), asfalt (nejistý), chalcedon (v konkrecích), kalcit, dolomit, hematit, limonit a konkrece rohovce. Na puklinách jurského vápence jsou také někdy vyvinuté keříčkové dendrity z hydroxidů Mn a Fe.
Silicity
V moravských Karpatech se vyskytují rovněž různé druhy silicitů. Například na čele magurské skupiny flyšových příkrovů vystupují na více místech tektonické útržky druhohorních vápenců, obsahující někdy konkrece či polohy rohovců. Rohovce v jurských vápencích u Cetechovic jsou medově žluté až tmavě hnědé, jurské vápence u Kurovic uzavírají konkrece světle olivově šedých rohovců s chalcedonovými žilkami.
Pukliny druhohorních hornin poskytly některé mineralogicky zajímavé nálezy. Z nich na prvém místě je třeba jmenovat výskyty stroncianitu a celestinu z puklin a dutin celistvého kalcitu ve spodních těšínských vrstvách v Českém Těšíně, Dolním Těrlicku, Neborech a Ropicích. Stroncianit je vyvinut na těchto lokalitách v podobě shluků jehličkovitých krystalů bílé barvy. Namodralý celestin tvoří hrubě destičkovité agregáty. Známy jsou rovněž nálezy krystalů kalcitu, dolomitu, křemene, barytu a pyritu zejména od Štramberka.
V jurských sedimentech pieninského bradlového pásma byl na Vršatci nalezen pyrop.
Využití vápenců moravských Karpat
Cetechovický mramor
V minulosti byly jako mramory využívány svrchnějurské vápence z Cetechovic. Cetechovický mramor se lámal již v roce 1650, od roku 1680 byl dobýván vlašskými kameníky k výzdobě biskupské rezidence v Kroměříži a dómu v Olomouci. V 17. a 18. století byl neoblíbenějším moravským mramorem použitým k výzdobě kostelů v Brně, Křtinách, Vranově, Dubu, Uherském Hradišti, na sv. Kopečku, ale i ve Vídni.
Cetechovický mramor je jednak celistvý, jednak brekciovitý se zaoblenými, nepravidelně vejčitými úlomky. Je možno rozeznat tři základní druhy: světle šedý, světle žlutý a červený až hnědý.
Štramberský vápenec
Pokusy s využitím bílého vápence ze Štramberka k dekorativním účelům nepřinesly příznivé výsledky. Vápenec je porézní a špatně leštitelný.
Mikulovský vápenec
Dekorativní jsou jurské světle béžově zbarvené vápence z lomu na Svatém kopci v Mikulově. Vápence jsou velmi jemnozrnné a leštitelné a jsou vyhovující pro opracování na velmi drobné výrobky. Hornina je často rozpukaná až na malé kostky a nedovoluje využití pro větší předměty. Zrna růženců, vybroušená z této suroviny, napodobují slonovinové kuličky.
