Území moravských Karpat hydrologicky náleží ke dvěma úmořím. Jsou to úmoří Černého moře, kam jsou odváděny vody prostřednictvím Dunaje a úmoří Baltského moře, kam jsou odváděny vody prostřednictvím řeky Odry. Rozvodí mezi Dunajem a Odrou tvoří zároveň historickou zemskou hranici mezi moravskou a slezskou částí moravských Karpat.
Převážná část povodí Dunaje na Moravě připadá povodí řeky Moravy, která tak tvoří její pomyslnou osu. Povodí Moravy na moravském území zaujímá cca 19600 km2. Zbylou menší část povodí Dunaje tvoří povodí Váhu. Připadá mu 436 km2 na vých. Moravě v povodí horní Vláry a menších pravých přítoků Váhu v oblasti Lopeníka (911 m).
Severovýchodní část území moravských Karpat připadá povodí Odry. Hranice povodí do oblasti vstupuje z Nízkého Jeseníku přes Moravskou Bránu, Příborskou pahorkatinu do Moravskoslezských Beskyd.
Tvar a hustota vodní sítě
Půdorys říční sítě v povodí Moravy má v základních rysech stromovitý tvar, jehož kmenové toky jsou Morava a Dyje. Morava nad Dyjí si podržuje stromovitý charakter sítě i na tocích nižšího řádu, avšak místy se mění tvar říční sítě na pérovitý (obě zdrojnice Bečvy).
V oblastech s údolní sítí predisponovanou na sebe kolmými tektonickými liniemi (povodí Odry a Moravice) převládá pravoúhlá, mřížovitá vodní síť. Na přítocích Odry jsou vyvinuta převážně protáhlá povodí, i když v soutokové oblasti Odry s Opavou a Ostravicí je charakter povodí výrazně vějířovitý.
K základním rysům hydrografie náleží charakteristika hustoty vodní sítě. Mareš (1957) charakterizoval hustotu vodní sítě délkou přirozených vodních toků vztaženou na plochu povodí [km/km2]. Průměrná hustota vodní sítě je v povodí Moravy 0,56 a v povodí Odry 0,68. Nejvyšší hodnotu nad 1,1 vykazuje povodí Ostravice a soutoková oblast Moravy a Bečvy.
Hydrologická bilance a vodní režim.
Voda – v plynné, kapalné i tuhé fázi – patří k těm prvkům krajinných systémů, které se vyznačují velkou dynamikou, a je proto také významným krajinotvorným činitelem. Základní složky vodní bilance – srážky, odtok a výpar – se stále mění a kolísají kolem dlouhodobých průměrných hodnot. Projevují se i značné nerovnoměrnosti v prostorovém rozložení bilančních komponent hydrologického cyklu i změny v jejich vzájemné proporcionalitě, které jsou podmíněny geografickými poměry v povodích.
Významný vliv, zvláště na velikost a kolísání odtoku, má utváření reliéfu, jeho nadmořská výška, členitost, sklonitost a orientace horských pásem vzhledem k převládajícím směrům proudění vzduchu. Dále se podílejí faktory jako jsou propustnost a mocnost pokryvných a zvětralinových útvarů a uloženin, stupeň rozrušení podložních matečních hornin, druhové složení a stupeň rozvoje vegetace a v neposlední řadě také antropické ovlivnění.
Zvláště poslední ze jmenovaných činitelů nabývá v posledních desetiletích na dynamice a významu. Změny, způsobené hospodářskou činností člověka, výrazně ovlivňují citlivou rovnováhu krajinných ekosystémů, které se utvářely po dlouhá období v rámci přirozených, nebo jen málo ovlivněných poměrů a projevují se i v narušení přirozeného režimu odtoku.
Přirozený, tj. neovlivněný režim odtoku se na našich řekách projevuje v dlouhodobém průměru vysokou vodností v jarních měsících březnu a dubnu, tj. v době tání sněhu ve výše položených oblastech povodí), značným kolísáním průtoků v letních měsících v závislosti intenzitě, době nástupu a trvání letních dešťů a nízkým odtokem v srpnu, podzimních měsících září až listopadu a v zimě – v lednu a únoru. V prosinci dochází často ke zvýšení odtoku, pokud převládají zimy s charakteristickými oblevami ve druhé polovině měsíce.
S rostoucí nadmořskou výškou povodí se období kulminace jarních povodní opožďuje a doznívá ještě v květnu. Naopak v nížinách a pahorkatinách často odtaje sníh již během února až první poloviny března. Kolísání vodností v průběhu jednotlivých měsíců roku v povodí Moravy a Odry podléhá zákonitostem typickým pro řeky střed. Evropy. Charakteristické je opožďování jarních povodní na obou Bečvách, horním toku Moravy, Odry, Ostravice a jejich přítoků – v porovnání s režimem odtoku typickým pro menší vodní toky odvodňující většinou níže položená území.
Zatímco vzestup vodností v prosinci je charakteristický pro celé povodí Moravy, Dyje a Odry, zvýšené vodnosti v červnu a červenci, které jsou typické při letních lijácích a vytrvalejších deštích, jsou nejzřetelněji patrné na pravostranných přítocích Odry, Ostravici a obou Bečvách. Pro povodí Trkmanky a Stupavy jsou typická období s dlouhodobějším vláhovým deficitem, což se projevuje i v převážně nízkých průtocích od srpna do listopadu. Největší rozkolísaností průtoků se vyznačují odvodňující hornatá území na sev. a sev.–vých. Moravy. Patří sem Rožnovská a Vsetínská Bečva se svými přítoky, levostranné pobočky horního toku Moravy, Ostravice a její přítoky, Rusava, Dřevnice a další.
Pozn.: vyjádříme–li rozkolísanost průměrných měsíčních průtoků poměrem mezi průměrně nejvodnějším a průměrně nejméně vodným měsícem v roce, vychází pro Dřevnici (Zlín) poměr 5,54, pro Rožnovskou Bečvu (Ústí) 4,41, pro Ostravici (Šance) 4,32 a Vsetínskou Bečvu (Krásno) 4,12. Pro Svitavu, ležící mimo karpatskou oblast, vychází tento poměr jen 1,58 (Rozhraní). Údaje se vztahují k období 1961—1980.
K oblastem s nejvyšší hodnotou specifického odtoku patří zejména nejvýše položená část povodí Ostravice a jejích přítoků, kde odtéká i přes 25 l/s z každého km2 plochy povodí. Vysoké specifické odtoky, od 20 do 25 l/s na km2 mají i bilanční povodí Rožnovské a Vsetínské Bečvy a jejich přítoků. S přechodem do ploššího reliéfu a menších nadmořských výšek klesá i velikost specifického odtoku. Nejnižší hodnoty specifického odtoku pak nalézáme v povodí Dyje pod Znojmem, a v povodí Trkmanky a Stupavy. Místy tu klesá specifický odtok i pod 1 l/s z každého km2, což reprezentuje minimum i v rámci celé ČR.