Atlantikum zaujímá období od 5 500 roků do 2 500 roků před BC V rámci altlantika je vyděleno starší a mladší období.
Starší atlantikum
Starší atlantikum zaujímá období od 5 500 roků do 4 000 roků BC. Proti suchému boreálu došlo ke značnému zvlhčení klimatu, srážky byly bohatší až o 60–70 % a průměrná roční teplota byla vyšší až o +3 °C než dnes. Podnebí mělo oceánický charakter. V tomto období bylo klimatické postglaciální optimum.
Pylové analýzy na celém území státu ukazují na vyloženě lesní vegetaci. V dřevinné skladbě se vyskytoval Quercus, Ulmus, Fraxinus, Tilia a Acer z vegetačního pásu Quercus-Tilia-Acer. Tyto smíšené listnaté lesy, jejichž jednotlivé druhy snášejí větší zastínění než Pinus a Corylus, pronikaly kompetičně do jejich světlých porostů, vzniklých v předchozím období. Pinus spolu s vegetací vegetačních pásů Pulsatilla, Stipa a mediteránní horské stepi vytvářely reliktní ostrovy a enklávy v stupni listnatých lesů na ekotopech, které nemohl tento les osídlit. Kromě toho začínal uvedený listnatý les pronikat na větší plochy lesostepi s lískou a borovicí a na černozemní stepi v nižších polohách hlavně na spraších.
Postupně se tyto plochy lesostepi a stepi zmenšovaly ve prospěch listnatého lesa, ale jeho postup v nížinách byl asi kolem roku 4 500 před n. l. postupně zastaven osídlením těchto nelesních ploch neolitickým lidem zabývajícím se zemědělstvím. Od této doby se datuje v našich územích soustavné působení člověka na les. V horských polohách se značně rozšířil vegetační pás Picea rovněž na úkor borových a lískových porostů a vytvořil společnou hranici se smíšeným listnatým lesem v nižších polohách vegetačního pásu Quercus-Tilia-Acer. Na této hranici se stýkal Quercus petraea (dub zimní) se Picea. Smrk se vyskytoval v tomto období na mnoha lokalitách ve velmi nízkých nadmořských výškách, a to buď v nesmíšených porostech, nebo spolu s Quercus robur (dub letní), který jako jediná listnatá dřevina (kromě Alnus) v těchto polohách mohl snášet vysoké zamokření půd. Může však růst i na velmi suchých ekotopech.
V závěru atlantiku se pak vytvořila tato vegetační stupňovitost: v nižších polohách se vyskytovaly zmenšené plochy stepí a lesostepí přeměňované člověkem na zemědělskou půdu. Výše až do hor se vyskytoval stupeň smíšených doubrav ještě bez habru, a ty v horách přecházely ve smrkový vegetační stupeň, nad jehož horní hranici se formoval klečový vegetační stupeň. Horní hranice lesa dosáhla své nejvyšší nadmořské výšky a ležela o 300–400 m výše než dnes.
V karpatském území se vyskytovali u horní hranice lesa navíc Larix a Pinus cembra. Modřín však často rostl spolu s klečí i níže na skalnatých a suťových místech, která nemohl osídlit smrk. Kleč zaujímala i rašelinné plochy ve stupni lesů. Na styku vegetačního stupně smíšených doubrav se smrkem se vytvořil na paludifikovaných lokalitách smíšený dubovo-smrkový vegetační stupeň s četnými, později reliktními výskyty smrku i v nejnižších polohách. Nad klečovým vegetačním stupněm se rozvíjela vegetace vegetačních pásů Vaccinium uliginosum – Loiseleuria (vlochyně bahenní – skalenka) a Carex-Elyna.
Mladší atlantikum
Mladší atlantikum je období 4 000 roků až 2 500 roků BC. V tomto období se často střídala vlhká a suchá období, léta byla v průměru teplejší než v současné době, teplota byla o +1 °C až +2 °C vyšší než dnes, postupně ubývala vlhkost.
Horní hranice lesa začínala ustupovat, ale byla v průměru ještě o 200–300 m výše než dnes. Vegetační stupňovitost se uchovává jako v mladším atlantiku. Pinus a Corylus byly výrazně na ústupu. Ve smíšených doubravách ustupoval Ulmus a Tilia a více se objevoval Fraxinus. Asi uprostřed mladšího atlantika došlo k mohutné imigraci vegetační pásu Fagus-Abies. Tento vegetační pás k nám pronikl od jihozápadu jako klín mezi vegetaci pásu Picea v horských polohách a pásu Quercus-Tilia-Acer v nižších polohách v podmínkách snižující se horní hranice lesa. Buk na naše území však imigroval proti jedli v předstihu, v nižších polohách se vyskytoval ojediněle už v mladším atlantiku a dominantní postavení v horách i v nižších polohách získal rovněž dříve než jedle.
Imigrací vegetačního pásu Fagus-Abies se vytvořily v našich územích ke konci staršího atlantika v podstatě vegetační stupňovitost tak, jak ji známe dnes. Dubovo-smrkový vegetační stupeň v hercynskosudetském území v polohách, kde se vyskytuje dnešní bukový vegetační stupeň, se přeměnil imigrací jedle snášející zamokření v dubovojehličnatý vegetační stupeň. Na nejchudších ekotopech se pak mohla udržet v tomto vegetačním stupni i reliktní borovice. Od nížin do hor se vyskytují vegetační stupně dubový, bukovo-dubový, dubovo-bukový, bukový a dubovojehličnatý, jedlovobukový, smrkovo-bukovo-jedlový, smrkový a klečový. Nad klečovým stupněm pak byla vegetace pásů Vaccinium uliginosum-Loiseleuria a Carex-Elyna.
Středoevropská krajina dosáhla v atlantiku svého maximálního holocenního zalesnění. Podle Jankovské (1997a) teplé klima umožnilo rozvoj dřevin a bylin citlivých na silné či pozdní mrazy. Dokazují to četné nálezy pylu Viscum (jmelí), Hedera (břečťan), Ilex (cesmína) a Taxus. Toto období představuje přelom ve vývoji rostlinstva i celé středoevropské přírody, neboť na jeho počátku ke konci subatlantika se objevuje neolitický člověk – zemědělec, který zprvu zakládá své osady v nejúrodnějších lesostepních a stepních oblastech, později však zatlačuje lesy a vytváří odlesněnou obdělávanou oblast. Zavádí nejen obilné kultury s průvodními společenstvy plevelů, ale podporuje nechtěně i nový rozvoj xerotermní vegetace, jež by jinak musela ustoupit šířícímu se lesu.